Hipotireoidismo subclínico se refere ao estado em que os hormônios se encontram dentro da faixa de referência, porem o TSH esta acima de 2.5ug/dL. Pode alterar a fase lútea, que ocorre após a ovulação levando a irregularidade menstrual. A reposição hormonal pode corrigir o ciclo facilitando a fertilidade.

Na reprodução assistida, hormônios hipofisários são usados para hiperestimulação. Estes hormônios também agem na tireoide. Paciente com anticorpos positivos, com hormônios normais ou em hipotireoidismo sub clinico, podem se beneficiar com tratamento da tireoide, aumentando chance de sucesso do tratamento de fertilização.